Si la lutte armée n’est pas, dès le début, intégrée à la stratégie des pionniers de la Résistance, assez rapidement la nécessité de préparer l’action paramilitaire s’impose. La constitution d’une Armée secrète unique, fédérant toutes les formations de zone sud, fait partie des missions de Jean Moulin. Le nom du général Delestraint est proposé pour commander une organisation que le général De Gaulle entend bien contrôler.
Officiellement investi de cette responsabilité en octobre 1942, Delestraint prend le pseudonyme de « Vidal ». Dès lors, il collabore étroitement avec Jean Moulin pour organiser la Résistance au plus haut niveau comme aux plans régional et départemental. A cet effet, il rencontre les principaux responsables des mouvements, Combat, le plus important d’entre eux, Libération et Franc-tireur, et Certains chefs de ces mouvements, qui se croient dépossédés de leur branche militaire, s’insurgent contre la stratégie attentiste de l’Armée secrète. Henri Frenay, qui dirige Combat, s’en plaint à Londres et se voit accorder gain de cause. De fait, après l’arrestation de Delestraint par la Gestapo en juin 1943, l’Armée secrète modifie sa stratégie et lance le principe d’actions immédiates.
En totalisant le nombre de maquisards et celui des « sédentaires » rattachés à l’organisation, on estime à 150 000 le nombre de combattants potentiels de l’Armée secrète le 6 juin 1944, même si beaucoup d’entre eux ne sont pas correctement armés et équipés, et encore moins formés.