Groupe de résistants opérant en zone sud, notamment en R1 (Rhône-Alpes), R2 (Sud-est), R5 (Limousin) et R6 (Auvergne). Elle est issue de la réunion de trois mouvements de résistance gaullistes : Combat, Francs-tireurs et Libération sud. Le général Charles Delestraint est proposé à sa tête par Jean Moulin, en 1942, et nommé officiellement par le général de Gaulle en octobre. Sous le pseudonyme de « Vidal », il demande aux différents mouvements de lui procurer des éléments dignes de confiance pour constituer un état-major à Lyon.
En février 1943, Delestraint est chargé par Londres de faire de sa troupe, forte de 150 000 hommes, le noyau de la future armée française. Le 9 juin 1943, Delestraint est cependant arrêté à Paris ; l’Armée secrète se retrouve sans direction. Lors de la réunion d’état-major de Caluire, qui vise à remplacer Delestraint, plusieurs chefs de la résistance sont arrêtés, dont Jean Moulin.
C’est le 29 décembre 1943 que, sur ordre du général de Gaulle, chef du Gouvernement Provisoire de la République française à Alger, fut signée la réunion de l’Armée secrète gaulliste avec l’Organisation de Résistance de l’Armée giraudiste et les Francs-tireurs et Partisans communistes sous l'appellation de Forces Françaises de l'Intérieur (F.F.I.).