L'établissement est un musée d’histoire, qui, dans ses 20 salles, traite de 5 grands thèmes : le Nazisme, Vichy et l’Occupation, la Résistance et la répression, la Déportation et le génocide des Juifs, la Libération. C’est aussi un musée d’art qui présente 2 salles d’art concentrationnaire et un important centre d’archives et de documentation. Installé au cœur de la Citadelle de Besançon, dans un environnement touristique, historique et mémoriel, il côtoie le Muséum, le Musée Comtois et le parc zoologique. La Citadelle de Besançon est un site classé au titre des monuments historiques ainsi qu’au Patrimoine mondial de l’UNESCO depuis 2008.