Raymond Samuel, ingénieur des Ponts mobilisé comme officier de génie, épouse Lucie Bernard, agrégée d’histoire et géographie, le 14 décembre 1939. Fait prisonnier des Allemands et détenu à Sarrebourg depuis juin 1940, Raymond parvient à s’évader avec l’aide de Lucie, fin août.
Le couple gagne Lyon en zone non-occupée. Lucie enseigne au lycée de jeunes filles Edgard-Quinet et Raymond travaille comme ingénieur. Ils donnent naissance à leur premier fils, Jean-Pierre. Derrière cette façade, les époux qui ont fait la rencontre d’Emmanuel D’Astier de la Vigerie, participent à la création de l'antenne lyonnaise de Libération-Sud.
Dans la clandestinité, Lucie devient Catherine et collabore très activement au journal clandestin du mouvement, dont le premier numéro voit le jour en juillet 1940. Raymond, que l’on appelle désormais Aubrac dans la Résistance, se voit confier à l’été 1942 la direction de la branche paramilitaire du mouvement, bientôt intégrée à l’Armée secrète (AS) unifiée sous l’impulsion de Jean Moulin. Après l’arrestation du général Delestraint, c’est lui que Jean Moulin souhaite mettre à la tête de l’AS. La réunion du 21 juin 1943 à Caluire est convoquée dans ce but, mais la Gestapo de Lyon, dirigée par Klaus Barbie, arrête les sept dirigeants de la Résistance qui y participent, dont Jean Moulin et Raymond Aubrac. C'est Lucie, alors enceinte, qui organise et participe à la libération musclée de son mari et de quatorze autres résistants emprisonnés à Montluc. Le couple rejoint Londres en février 1944.